绿色植物种类繁多，在陆地及海洋生态系统中扮演着十分重要的角色。不同植物为了适应各种复杂的生存环境产生了各种各样的进化，包括气孔、种子、花、果实、根等等；最终，植物对环境的适应也影响了整个生态环境，并且进一步促进了农业的发展和人口增长。发表在《Nature》上的“Onethousandplanttranscriptomesandthephylogenomicsofgreenplants”一文系统地讲述了千种植物转录组计划的研究成果，快和小编一起来看看这篇大作吧！

研究利用单拷贝基因来做物种进化分析，针对染色体基因和质体基因运用多种方法构建了进化树，结果表明树的一致性很高；而另一方面，基因树与物种树存在差异，可能与快速进化、网状进化、基因的拷贝丢失以及计算误差有关。虽然部分基因树在某些节点上存在分歧，但是通过比较基于核基因和质体基因构建的系统发育树，系统发育树整体上一致性较高。

图1.大规模系统发育树构建

研究通过鉴定了包含已有研究的基因家族的扩张收缩，发现转录组数据的基因组与全序列的基因家族大小呈现非常强的相关（r=0.95），并且提出了一些存在不同观点的分支，例如：否定liverworts是所有其他现存陆地植物谱系近缘物种的假设、微浮游藻的位置不确定性、认为羽藻不作为绿藻类的近缘分支等。

图2.存在争议的分支

从基因树的结果中看到，WGD分布不均匀；通过基因复制与序列分歧分析，推测并定位了了绿色植物进化历史上的次WGD事件，与已发表的65个WGDs比较发现有6个假阴性结果，没有假阳性。

众所周知，WGD和基因家族扩增对新基因/功能的形成具有影响，本研究发现了WGDs事件与物种多样性的增长并不是同时发生；除了卷柏和苔纲植物，其他的陆生植物谱系中至少发生一次WGD，而大部分藻类则没有拯救表明其发生过WGD。

图3.古代WGDs在绿色植物谱系中的分布

研究发现最大规模的基因家族扩展与陆地植物的起源和苔藓植物的进化有关；此外，被子植物的起源是在三个重点基因家族收缩之前，许多基因家族的扩张也与种子植物的起源有关，在分析的基因家族中只检测到一个收缩。

图4.植物基因家族显著扩张和收缩的评估

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以往的研究基本都